煤矿企业安全生产许可证颁发管理机关也很特殊，它不是省级人民政府的煤炭管理部门，而是国家垂直管理的省级煤矿安全监察机构。《安全生产许可证条例》第三条规定，国家煤矿安全监察机构负责中央管理的煤矿企业安全生产许可证的颁发和管理。在省、自治区、直辖市设立的煤矿安全监察机构负责前款规定以外的其他煤矿企业安全生产许可证的颁发和管理，并接受国家煤矿安全监察机构的指导和监督。

　　国家未设直属煤矿安全监察机构的其他省、自治区、直辖市的煤矿企业安全生产许可证颁发管理机关，应当是《煤矿安全监察条例》授权的省、自治区、直辖市人民政府指定的部门，多数为省级安全生产监督管理局。在这些地方，省级安全生产监督管理局依法履行煤矿企业安全生产许可证颁发管理机关的全部职责。