安全生产许可证颁发管理机关的层级究竟应当如何确定才更符合实际，在制定《安全生产许可证条例》过程中经过了反复研究，最终确定了两级发证的原则。《行政许可法》对实施行政许可的行政机关有严格的规定。《行政许可法》规定，有权依法设定行政许可的只有国家和省、自治区、直辖市两级国家权力机关和行政机关，具有行政许可设定权的行政机关有权依法实施行政许可。为了使行政许可的设定机关与实施机关的层级相一致，避免两者之间因层级差别而影响安全生产许可制度的实施，《安全生产许可证条例》确定国务院与省、自治区、直辖市两级人民政府的负有安全生产监督管理职责的部门和建设行政主管部门为安全生产许可证的发证机关。