二十世纪八十年代末国内外许多学者致力于研究鉴定堆肥过程中的微生物，从而筛选出有效的降解生活垃圾的微生物菌株。

　　Finstein等研究垃圾生物处理时，指出垃圾中所含微生物种群及其数为该垃圾的基本属性之一，并对该垃圾的堆肥化过程有明显的影响？

　　康建雄也研究了生活垃圾堆肥过程中的微生物数量，指出垃圾中微生物数量与垃圾类型、垃圾产生源的地域分布无关，与产生源垃圾的新鲜度有关，同时确定垃圾处理过程中，中温微生物在数量上占优势。堆肥过程中有机物的分解与稳定化主要发生在高温阶段，此时中温型与高温型微生物都起着巨大作用。

　　中科院南京土壤研究所的顾希贤等从堆肥、畜粪、土壤等22个样品中，分离得到纤维素分解菌198株，经归并后有54株，其中真菌46株，放线菌7株，细菌1株，他们将分解纤维素的真菌接种于生活垃圾两次发酵时期，使堆温又一次上升，并维持4天以上，从而增加了堆肥腐殖质的含量，显著提高了堆肥的肥效。

　　高效复合微生物菌群与污泥混合堆肥，可提高有机污染物的生物降解率。清华大学席北斗等人利用高效复合微生物菌群对生活垃圾和污泥？昆合堆肥，可以迅速缩短堆肥过程。这些高效复合微生物菌群是由酵母菌、放线菌、乳酸菌、固氮菌、纤维素分解菌等多种微生物经特殊方法培养而成，它们依靠相互间协同作用，迅速分解垃圾中的有机物，并代谢出抗氧化物质，生成复杂而稳定的生态系统，增加堆肥中的含氮量，抑制有害微生物的生长繁殖。