自然保护区以保护包含某个核心对象的陆地及水体为主要任务，所以，自然保护区应该保护的是有代表性的生态系统、珍稀濒危动物的天然集中分布区、水源涵养区、珍贵地质建造、地质剖面和化石产地等。一个国家的自然保护区体系，一般要求保护类型比较齐全、布局比较合理，这样生态效益和社会效益才比较明显。

　　一个管理和建设得较好的自然保护区体系，常常也是能够直接产生持续的经济效益的。国外许多保护区目前已在服务国家的生物医学行业提供物种源上发挥了很大的作用，我国这方面的例证也不少。

　　当然，我们应该看到，自然保护区产生经济效益的方法和渠道迥异于通常的资源富集区，自然保护区的建设和管理更着重长期和宏观的效益，对自然保护区的利用和开发，前提是保护，保护区的生态效益和社会效益应该被放在首位，眼前的经济效益不能作为保护区建设的工作重点。对这一点，世界发达国家莫不如是。