功能型组织结构强调工作部门的级别，主要是以专业职能约束下级层次的业务活动。在功能型组织结构中，一个工作部门可以在自己的专业职能的范围内对下级的各个平面的工作部门都有指挥命令权，而不管其是否是直接下级还是间接下级；而作为下级，要接受不同的多个上级功能部门的领导。也就是说，A可以指挥命令B平面的直接下属，也可对C平面的间接下属发布指令。B平面的所有工作部门也可对C平面的工作部门进行指挥和命令。

功能型组织结构的命令源不是唯一的，导致下级工作部门要接受多头领导。如果多维指令产生相互矛盾，下级通常执行级别高的命令；相互矛盾的指令若级别相同，下级部门往往无所适从，容易造成管理混乱。出现问题以后，导致责任、后果不清，易产生推诿扯皮。这种组织结构很少单独使用，只在极端情况下（如混战的战场）才被使用。