在水利工程的安全隐患鉴定过程中，如果发现了潜在的安全隐患，应当采取一系列科学、合理且有效的措施来确保工程的安全稳定。具体来说，可以按照以下几个步骤来进行：
1. 详细记录和评估：首先需要对发现的隐患进行详细的记录，包括隐患的位置、类型、可能的影响范围等，并组织专家团队对隐患的危害程度进行专业评估。
2. 制定整改方案：根据评估结果，结合工程实际情况，制定出具体的整改措施。这可能涉及到设计变更、施工方法调整或是增加安全设施等内容。
3. 实施整改工作：在确保不影响正常生产和使用的前提下，按照既定的整改计划组织人员实施。同时要加强现场管理，确保整改过程中的安全。
4. 加强监测与维护：对于已经完成整改的部分，需要加强日常监测和定期检查，及时发现并处理新的问题，防止隐患再次出现。
5. 建立长效机制：通过此次隐患排查及整改的经验教训，建立和完善水利工程的安全管理体系，提高全员的安全意识和技术水平，形成长效机制保障工程长期安全运行。
总之，在处理水利工程中的潜在安全隐患时，应当遵循预防为主、综合治理的原则，确保整改措施的有效性和及时性。