污染物进入河流后，由于环境的变化（如基质减少、日光杀菌、水温及pH不适、化学毒物存在、吞食细菌的原生动物存在等），使污水中带来的细菌、病原菌、病毒等逐渐死亡，从而使水体在一定程度上得到自然净化。

　　如从河流中形成自净作用的场所上看，又可以分成以下几类：

　　（1）河水与大气间的自净作用这种作用表现为水体中气态物质向大气中的扩散，如河水中的CO2、H2S等气体的释放。

　　（2）河水中的自净作用污染物质在河水中的稀释、扩散、氧化、还原，或由于水中微生物作用而使污染物质发生生物化学分解，以及放射性污染物质的蜕变等等。

　　（3）河水与底质间的自净作用这种作用表现为河水中悬浮物质的沉淀、污染物质被河底淤泥吸附等等。

　　（4）河流底质中的自净作用由于底质中微生物的作用使底质中的有机污染物质发生分解等。

　　由此可见，河流自净作用是包含着十分广泛的内容的，而在实际上这些作用又常相互交织在一起，因此在具体研究工作中必然要有所偏重。目前在河流自净作用的研究上，多侧重于狭义的自净作用，即主要研究河水中的有机污染物质由于微生物而形成的生物化学分解作用。从自净作用产生的场所上看，目前则是以研究在水中发生的自净作用为主。