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（1）小城镇发展很不平衡，东部、中部地区发展很快，西部地区发展滞后。在全国千强镇中，西部小城镇也仅占很小的一部分。这种不平衡不仅表现在数量上，也表现在社会经济发展水平上。

（2）小城镇规模较小，布局分散，普遍存在基础设施不足的现象。大多数小城镇的给排水设施不齐全，公共设施标准低。据上世纪90年代末国家体改委小城镇课题组对18个省市随机抽取的1035个建制镇（含县城镇）的调查表明：非县城镇生活供水、自来水普及率为63%，废水处理率26%，垃圾处理率43%，城镇基础设施总体发展滞后。

（3）我国小型城镇的排水体系多为合流制，由于乡镇企业发展迅速、城镇排水设施滞后、资金不足、工业污染、农业面源污染等原因，小城镇的水污染问题日益突出。

（4）小城镇的生态环境质量有逐步下降的潜在风险。大部分小城镇的原生环境因为不可避免的建设和开发活动被破坏，环境质量有所下降。同时，随着小城镇、乡镇企业的发展，加之小城镇环境问题未得到重视，即使一些环境容量比较大的小城镇，污染趋势也在加重。此外，小城镇在发展中为尽快改变落后的经济状况，往往不加选择地引进投资，面临大中城镇环境污染转嫁的危险。而且，小城镇是就近由农村发展而来，其环境问题很容易延伸至农村腹地。

（5）小城镇建设中没有很好地重视经济规律的要求，存在一定程度的盲目性和随意性，城镇发展速度忽高忽低，行政干预较大。

（6）小城镇的发展规模存在很大的差异，全国最大的镇面积相当于中小县中国西部小城镇环境基础设施技术指南卷（II）：城镇污水处理2西部小城镇污水处理基础设施概述的规模，最小的仅有几平方公里，最大的镇人口已达10万，最小的不足千人。且在城镇规划上普遍存在盲目贪大的弊端。

（7）现行的户籍制度与小城镇的建设不适应。由于受户籍制度的限制，使大多数从事非农产业的农民在小城镇不能落户，在原籍还保留着承包田和房产，成为兼业农民，束缚了农民向小城镇转移的速度，延缓了小城镇建设的步伐。此外，还存在着土地转让政策不适应、城镇社会保障体系不健全等问题。

（8）认识问题还没有完全解决，不少地方小城镇建设没有列入政府的工作日程。目前，还有相当一部分领导对小城镇建设在我国经济社会发展中的重要作用认识不足。因此，也就很难对小城镇建设的问题作比较系统的研究并形成一整套可行的和长期执行的政策。

（9）小城镇建设管理体制没有理顺。小城镇的建设涉及到经济、社会各个方面，需要各个部门的支持和帮助，但谁来协调，现在是谁也协调不了，没有一个领导协调机构，致使各部门有关小城镇工作难以作出一个统一的、战略性的、全面的安排。

上述问题为小城镇环境基础设施建设带来了种种障碍。西部地区小城镇不仅面临着上述问题，还存在其它一些特殊问题，如生态环境脆弱。城镇规模小，非农业人口比例相对较小。城镇密度小，城镇之间的距离较大。城镇建设水平低，基础设施严重不足。受自然环境等多种因素的严重制约，城镇功能大都较为单一。相关配套改革滞后，城镇现有政策不善。城镇建设资金严重不足等等。