1、该方式国内只是刚起步，工程项目可参照物较少，须有摸索、积累的过程。

2、企业内部尚未建立起一套完善的数据库及公司的价格标准，而该项工作是相当庞大繁琐的。

3、现有承包方能力不足，很难按工程量清单完成相关报价。

4、在投标过程中，容易发生投标方互相窜标的情况，或通过在投标总价不变的情况下，提高分项单价，降低工程量，待工程变更出现后，给业主带来损失。

5、工程量清单在项目招投标评标阶段耗时较长，前期准备工作极复杂，对于开发周期短的工程项目，较难实施。

6、现阶段因设计单位在设计中大多重技术轻经济，设计人员似乎只对设计工程的质量负责，对工程造价的高低不太关心。以致无法通过优化设计方案，编制初步设计、概算起到控制总造价的作用。对于业主来说需花费更多的精力在此项工作。