通常合同分析首先针对具体的合同条款（或合同结构中的子项）。根据它的表达方式，分析它的执行将会带来什么问题和后果。在此基础上还应注意合同条款之间的内在联系。同样一种表达方式，在不同的合同环境中，有不同的上下文，则可能有不同的风险。

由于合同条款所定义的合同事件和合同问题具有一定的逻辑关系（如实施顺序关系，空间上和技术上的互相依赖关系，责任和权力的平衡和制约关系，完整性要求等），使得合同条款之间有一定的内在联系，共同构成一个有机的整体，即一份完整的合同。例如：

有关合同价格方面的问题涉及：合同计价方法、量方程序、进度款结算和支付、保留金、预付款、外汇比例、竣工结算和最终结算、合同价格的调整条件、程序、方法等。

工程变更问题涉及：工程范围，变更的权力和程序，有关价格的确定，索赔条件、程序、有效期等。

它们之间互相联系，构成一个有机的整体。通过内在联系分析可以看出合同中条款之间的缺陷、矛盾、不足之处和逻辑上的问题等。