离子交换树脂在运行的过程中，如果发现颜色变深；树脂交换容量不断地下降；清洗水不断地增加；出水水质变差；周期性制水量不断下降等现象，可以认为树脂受到污染。污染的原因主要有：

（1）有机物引起的污染有机物质在水中往往带有负电，成为阴离子交换树脂污染的主要物质。有机物主要是存在于天然水中的腐殖酸、胶团性的有机杂质、相对分子质量从500至5000的高分子化合物以及多元有机羧酸等，这些物质吸附在树脂上，有的占据或者结合了树脂上的活性基团，有的使树脂的强碱活性基团碱性降低而降解，使树脂降低了离子交换能力。这类污染从COD的监测中可以检出。

（2）油脂引起的污染水中往往含有油类物质，形成膜状物，堵塞或包裹了树脂的微孔，阻碍树脂微孔中的活性基团进行离子交换。

（3）悬浮物引起的污染水中悬浮物质，紧裹着树脂表面的液膜层，从而隔绝了树脂的离子交换过程，使树脂受到污染。这种污染以阳离子交换树脂为多。

（4）胶体物质引起的污染水中胶体颗粒常带负离子，使阴离子交换树脂受到污染。胶体物质中以胶体硅对树脂的危害最大，它吸附并在树脂的表面上聚合，阻止树脂进行离子交换。

（5）高价金属离子引起的污染原水中的高价金属离子（如混凝剂中高价金属离子的后移等），如Al3+、Fe3+等扩散进入阳离子交换树脂的内部，由于这些高价金属离子的交换势能高，与树脂中的固定离子—SO3-牢固结合形成Al（SO3）3、Fe（SO3）3等，从而使这部分的固定离子失去作用，丧失了离子交换能力。

（6）再生剂不纯引起的污染离子交换树脂的再生剂不纯往往混有许多杂质，尤其是烧碱（NaOH）中的杂质甚多，如Fe3+、NaCl、Ns2CO2等，对阴离子交换树脂的污染最为严重。

此外，细菌、藻类以及水中含氟、氨基酸之类物质等也会不同程度地使树脂受到污染。