生态水利工程建设的目的是达到生态环境保护和水利工程建设的和谐。我国的生态水利工程建设是在原有技术基础之上，采用更多的环保生态型技术和方案达到对生态环境的保护。所以在生态水利建设当中应该遵循以下原则。

第一，加强对水利工程所在地的河流生态系统的保护原则。在我国几乎每条河流都有自己的生态环境特点，在对河流生态环境进行保护的时候要根据具体的生态环境特点采用不同的生态环境保护措施，从而更合理的对河流生态环境进行有效的保护。

第二，加强对整个水体系统的保护。一个地区的水体是地表水和地下水的整体，所以在水体保护当中要考虑各方面的因素，从而达到对水体的整体保护。

第三，要加强对水利工程周边生物物种的保护。在水利工程建设当中要根据生物多样性原则，采用更为合理的方法对生物物种达到更好的保护，在各项工程开始建设之前要对生物多样性进行调查。