1、要建立与完善管理机制、建设程序：中小型农田水利工程的内容比较广泛，要实行科学、统一管理，并合理规划布局及完善建设程序，要按照先申请规划审批，再建设施工，验收交付使用的原则，使农村小型水利工程建设不断规范有序地发展。

2、严格设计资质认证制度与工程招投标制度：严格设计资质证制度，要依据审批工程的规模，保证聘请拥有一定设计资质的及从事相应水利工程的设计单位设计。审批的全部小型水利工程，要经水行政主管部门招标办招标。招标办组织建设单位与有施工准入证的三家以上企业或单位，依据设计工程项目进行投标，落实工程招投标制度，以及引进竞争机制与规范施工管理，明确工程投资，阻止工程建设中腐败现象发生，签订公证合同才可进入施工程序。

3、建立农田水利工程建设质量保证体系：要加强农田水利工程建设的质量监督，并通过业主自身的质量监督等保证工程建设质量。建立质量事故责任追究制度与实行工程质量终身负责制。强化县级水利部门的技术服务与积极鼓励社会中介机构投入、参与农田水利的建设，以提供技术指导与服务。

4、建立竣工验收备案制度与实行奖惩严格制度：建设单位在工程竣工后要以竣工报告形式报请示上级水行政主管部门进行验收。与此同时施工单位也要上报经甲乙双方共同签字盖章的施工保证资料与必备资料，以及汇总的真实完整资料一律备案。市、县水务局依据竣工报告与施工资料，组织有关设计、质监及相关单位的技术人员和建设单位与施工单位，对工程全面进行验收，并通过听取报告、查询资料及检测实体与细查局部的程序对所建工程验收，做出对该工程的综合评定意见，所有未经过验收的工程不可交付使用以及结算工程款项。