1、规划不合理，管理不善

目前我国部分农田水利工程建设存在盲目性、随意性的现象，由于没有科学的规划作为指导，导致农田水利工程建设过程中在工程技术、合理开发与经济效益等诸多方面不能相互兼顾，加之工程实施时各自为政，很难统一目标。同时，由于过去这些小型水利工程是由农村集体统一使用和管理的，而后来经过改革，农村的集体管理意识已越来越淡薄，造成建管脱节、管理被忽视的局面。而农田水利工程管理主体不明确，逐渐形成了农民不能管农田水利基础设施，而集体又管不好，国家也管不到的尴尬局面，农民没有在使用水利基础设施的时候没有自觉维护的意识，把它视为公共财物，不能意识到其与自身农业生产是息息相关的，从而参与工程的维护管理不积极、不主动，甚至会出现损坏农田水利设施的现象。在长期有人用、没人管的情况下，水利工程难免出现问题，影响农业生产效益。

2、工程质量不过关

农村水利工程因为项目规模小、分散性大，归属于地方农村集体，而不能得到足够的重视，往往建设过程中的配套设施不够完善，施工方法也不够科学经常出现质量问题，甚至很多时候是由农民进行施工，施工单位自身就没有质量意识，建设标准很难达标，缺乏专门从事质量监督的人员。而工程建成后因为大多不是专业人员而是由农民来维护，也很难达到正规的水利工程维护水平。导致农田水利工程建设质量不过关，影响使用寿命与综合效益。

3、分包的情况严重

通常建设项目的合同中都明文规定不允许分包与转包，然而事实情况是这种分包与“隐性转包”的现象并不少见，且大多分包商都没有经过严格的资质审查。很多单位只是借用经过资质审核的施工单位进行投标，而这些借出资质的单位往往不参与施工的管理，只是收取中间管理费。最后，施工任务经过层层分包由非专业队伍承担。

4、工程建设标准低

由于受技术、资金、物资等多方面条件的限制，许多工程建设标准低，如灌溉山塘存在坝坡保护设施差、坝身单薄、稳定性差、未设置排水设施等。坝体和坝基渗漏问题普遍：启闭不灵，涵管老化。溢洪道不标准。渠系不配套，大部分干渠利用河道代替，有些田间渠道还是泥渠，渠道渗漏水现象严重，渠系过水能力低，排灌能力弱等，效益问题突出。

5、建设资金不稳定

通常农田水利工程的建设都是由投资者自筹或社会投资，只有少量应急工程是由政府投资的。由政府部门投资的往往投入资金较少，而自筹资金虽然比较灵活，但资金链不稳定，经常出现因为资金短缺而出工程停顿的情况。如果资金渠道不顺畅，极易导致建设质量不达标，降低工程的使用价值，影响后期维护情况。而目前的现实是除了应急的抗旱打井与“民办公助”等少量工程建设有政府提供资金，大多建设项目都没有政府投入，建设以及后期维修养护基本上只能依靠项目受益人自筹资金解决。而由经济条件较差的农民来自筹难度又较大，建设资金很难及时到位，资金投入过少，又使得建设标准降低，造成恶性循环。