中国水利工程档案管理存在的问题主要如下：

一是管理意识淡薄，影响档案完整。当前我国水利工程档案管理手段落后的情况没有根本改变，个别单位负责人及档案管理者，对水利工程档案管理的重要性认识不足，重视程度不够，没有把档案工作渗透到水利工程建设的全过程，缺乏相应的管理制度来规范日常的水利工程档案管理行为，致使水利工程档案的收集、整理不及时，甚至延误，影响了档案收集整理、归档的时效性和完整性；

二是管理机构不全，档案残缺丢失。一些单位没有设置独立的档案管理部门，只是把档案管理工作纳入综合部门的管理职能。虽然制定了相关的规章制度，但大多是流于形式，没有形成有效的监督管理机制，导致档案资料残缺不全，给档案的收集、整理和归档带来困难，严重影响了日后水利工程的正常维护与管理；

三是保管场所不定，安全难以保证。一些单位没有固定的档案室，有的把水利工程档案存放在办公室或与其他杂物一起存放在库房里。保管场所不固定，安全措施不到位，很容易造成档案资料受潮、受损，不利于档案资料的长期保管，难以保证档案资料的完整性和安全性；

四是收集方法单一，管理方式被动。一些单位不能根据不同水利工程特点，采取不同的档案资料收集管理办法。一方面，一些单位负责人和档案管理者平时只注重抓工程质量、进度和安全等工作而忽略了档案管理工作的前期投入和管理；另一方面个别档案管理者缺乏档案管理经验，只是机械和被动地从工程技术人员手中接收资料，致使工程原始资料收集不全；

五是人员多为兼职，专业人才缺乏。一些单位没有配备专职的水利工程档案管理人员，身兼数职、精力有限，加之未经过专门的档案管理业务培训，对有关水利工程档案的法律法规、管理制度及管理流程不熟悉，严重影响了水利工程档案管理的质量；

六是硬件设施缺乏，管理手段落后。