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人们容易看到水利工程在供水、灌溉、发电等方面给人们带来的直接经济效益，却难以看到因水利工程改变河流形态多样性，导致生态系统服务功能下降给人们带来的负面后果，以及对人们的利益造成的长远损害。众所周知，河流生态系统服务功能，为人类提供的不仅仅是淡水，也不仅仅是食品等各类产品，还有多方面重要服务功能，比如调节气候，减缓洪涝旱灾，维持生物多样性和保存基因库，有害生物控制及净化水质和大气等全方位的服务。生态系统服务功能依赖于河流生态系统健康的维持。一旦系统遭到外界因素的破坏，大自然无偿提供给我们的服务功能将下降，当破坏程度达到某临界值时，这种服务功能甚至会丧失。

河流生态系统功能降低以至破坏，往往是一个缓慢的发展过程，又是多因素作用的结果，当人们发现其恶果时，可能情况已经变成不可逆转。比如当人们实施河道整治工程后，建成了直线型渠道，砍伐了“排列不规则”的树木和“野生杂草”。同时，采用梯形断面，对侧坡及河底全面进行混凝土衬砌，种植了整齐的树木，达到了人们认为美观的“两线三面”质量要求。不长时间人们发现，在河道里找不到鱼类，在岸边看不到昆虫，树上鸟类也属罕见，随之渠道里的水质变差了。当排入河流的污染物继续增多超过某一个限度时，河流生态系统的自净能力进一步下降以至完全丧失。这个事例说明，当人们享受水利工程带来种种有形的经济效益时，河流生态系统长期为人们无偿提供的各种服务功能，却在大刀阔斧的工程建设中不知不觉地消失了。这种隐形的损失是不可估量的。