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水利工程对环境影响研究的目的在于发挥工程的综合效益，消除或减少不利于环境的影响。有些国家很早就开始此项研究。20世纪30年代美国田纳西河治理就考虑到杀灭疟蚊的工程调度方式。许多国家在修建拦河闸坝时早已注意设置过鱼设施。但全面研究工程的环境影响问题，是近几十年水利建设规模逐渐扩大后才受到重视。1969年美国最先把工程的环境影响评价定为制度。70年代国际上有许多学者和团体提出了一些评价方法，并在实践中得到不断发展。中国从70年代末已开始对已建水利工程进行环境影响回顾评价，80年代初并规定新建工程都要先期做好环境影响评价。

水利工程环境影响评价分单项工程和工程群两类。单项工程评价要研究许多有关因子。自然环境因子包括水文、气候、水域、土壤、地下水、地震、生物、细菌、藻类以及自然景观等。社会环境因子包括淹没区和工程范围内土地占用和居民迁移安置，工矿交通等基本设施的拆迁重建，以及文物古迹的保护和迁移等。评价步骤大致分为：识别影响因子，筛选重点因子，预测有工程和无工程的环境状况及其差别，综合评价有利影响和不利影响，提出减少或消除不利影响的对策和代价。评价方法有矩阵表格法和巴特尔环境评价系统法等。对建设目标相似、地理位置相近的由几项工程组成的工程群，可先进行各单项工程的评价，然后进行工程群体的综合评价，有的因子可合并研究。评价结论包括工程群的总体影响和单项工程自身的及在群体中的影响。对工程群中影响较大的工程，如河流梯级开发中位置重要、调蓄能力较大的工程，应进行重点评价。

灌溉、引水等工程有多项工程单元，一般以工程单元的整体作为单项工程。流域或区域治理开发的环境问题城镇的不断发展和城乡关系的日益密切，使污水治理、供水水源及其保护、防御洪水、水文情势的变化等问题的研究涉及到越来越大的范围，因而提出了按流域或区域研究环境的课题。其评价的方法，可将流域或区域分成若干片分别评价，再归纳几个片为一个区进行评价，最后综合成流域的或区域的评价结论。评价中要全面研究工程措施和非工程措施、大中型枢纽工程和面上小型工程的环境问题。流域或区域治理开发的环境影响评价比较复杂，经验不多。中国在珠江支流东江进行过试点工作，其成果可供小流域参考。