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1．农田水利设施投入不足。虽然近年国家水利投资不断增加，但建设资金缺口仍然很大。由于农田水利工程具有跨区域特点，地方财政困难，以往地方配套资金并未完全落实，造成农田水利建设投入不足。目前镇村一级经济薄弱，资金匮乏，与农业生产最为密切的灌溉渠道的硬化建设无力投入，而政府的投入也较少，由此造成农田水利基础建设滞后，农民群众最密切关注的焦点就是这一问题，也是基层干部最操心、最难搞的“心病”。

2．设计存在缺陷。在水利工程设计中，设计单位在整个设计阶段中施工方案基本无比较，只要方案可行即可，技术经济观念不强。招标设计阶段的深度与可研阶段差不多，无设计优化。在进入施工详图设计阶段后，由于业主的干预，设计单位才对设计方案进行较细致地比较，导致进入施工详图设计阶段后设计修改很多。

3．施工质量无法控制。水利工程施工质量直接关系到水利设施的寿命以及工程的效益。目前，水利工程施工管理水平有了很大进步，但仍存在施工队伍的质量参差不齐、质量监督制度不完善、建设单位管理体系不健全、施工管理中的不正之风等问题，影响工程建设质量。必须采取切实有效的措施，提高施工管理水平，提高工程建设质量。

4．工程没有管护和维修基金。由于项目工程分布范围广，易受自然灾害等方面因素的影响，易发生损坏（毁）。没有设立专项管护费，致使工程管护常常无人问津；当出现自然灾害或人为因素造成损坏（毁）时，由于无钱维修形成废弃工程，造成了很大浪费。