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1、安全管理：对《水法》等法律法规加强宣传，并对水利工程在防止受到洪水等自然灾害的侵袭同时，还要防止人为的破坏，以保障工程安全。要加快水行政执法力度，并对破坏水利工程的行为进行严厉打击，以确保工程正常安全运行与效益发挥。

2、对内业资料的管理：有关工程管理的标准、规定及法律等资料要齐全；设计图纸以及文件与施工记录、检测结果及竣工验收报告等要立项建档；对出现的工程建设中的问题以及解决的结果与工程管理的各项检查记录资料均要妥善进行保存。

3、对工程设施的管理：要对小型水利工程设施进行登记造册，绘制工程分布图分类进行管理，对重点工程或工程重点部位要实施挂牌用设专人重点管理。要明确管理权限，落实管理责任与主体，并要按照“谁受益、谁管理”的原则，落实管护责任，以形成专业管理和群众管理相结合的管理模式。

4、对经费的管理：可通过协会来制定合理的工程维修养护费标准，依据受益面积与各地的实际具体情况，向受益者与收益单位征收相应的费用，以用工程维护；利用水利发展基金等形式对工程进行维修与养护；推行义务工制并接受受益人或者单位的义务工。并按照“谁建设、谁管理、谁受益”的原则，用好经费。

5、技术推广与人才培养：水利部门要重视管理人员的业务培训及切实提高管理人员的业务水平；并要抓好工程建设中的新技术的推广应用工作，努力使农田水利建设与日益发展的农业生产、人民生活水平相适应，并使已有的、在建的及规划建设的水利项目均能充分有效地发挥其自身效益，达到为民服务的目的。