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1、在设计方面问题：设计工作中存有偷工减料的行为。水利工程设计中，设计单位在整个设计阶段中施工方案基本无比较，只要方案可行即可且技术经济观念不强。

2、在施工方面问题：水利设施的寿命与工程的效益受水利工程施工质量的直接影响。当前，尽管水利工程施工管理水平有了长足进步，但依然存在施工队伍的质量良莠不齐、质量监督制度不够完善、建设单位管理体系不够健全、施工管理中的不良风气等问题，严重影响了工程建设质量。所以要采取切实有效的措施，提高施工管理水平与建设质量。

3、管理机制不够健全：小型水利工程的管理，由于历史遗留体制的原因，本应由乡镇或村一级负责，而当前小型水利工程大多处于无人管理的状态。一些效益好的部分工程由乡、村一级承包给个人经营，但是承包者只注重个人的收益，并未履行工程管理与维修的责任，镇、村一级的管理层也未担负起管护责任，因此导致工程老化与失修，综合利用率较低。这种管理体制已制约着水利工程安全运行与良性发展。

4、工程划界不明确：长期以来，水利工程修建时很多是无偿占有土地，因此工程管理范围及保护范围界限难以划分，这就给管理工作带来了很大困扰。

5、缺乏专业管理人员：由于小型水利工程的管理权限在乡镇或村一级，并没有设置专职的水利专业管理人员，村级管理人员的文化水平不高，对水利工程的安全运行管理规范不了解，导致工程超负荷或超标准运行，从而使工程的使用寿命大大降低。

6、管理设施滞后：水库大部分没有大坝观测以及雨与水情测报设施，汛期也只是仅仅依靠简易的水尺了解水库水位，尤其是石门水库，没有管理房与通讯设备，如果发生险情，运行调度与防汛抢险就会非常困难。

7、管理经费的不足与缺乏．小型水利工程大部分是属公益性工程，是无偿为农村的农业生产提供的灌溉用水服务及不收取水费的。政府部门没有工程维修养护方面的投资，大部分水利工程因为病险，难以发挥其应有的作用。