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一、水库管理设施落后

农村水库的分布较广，水库设置通常在偏僻的地带，大多都远离交通干线。有些水库的周围也可以进出车辆，如果遇到下雨天，路滑泥泞，会导致灾害的发生，也容易出现塌方的情况，这会严重阻碍交通的畅通，一旦水库出现险情就会增加抢险难度，甚至错失良机。笔者管理的六枯水库差点垮坝就是这种现象。有些水库建设在偏僻的地方，不通车，不通电，卫星信号极差，通讯会受到严重的阻碍。如此的路况和信号条件为水库进行管理带来诸多不便，农村的水库大多缺失规范化的管理和监测设施。有的地区监测设施落后，不能很好地发挥其效用，例如笔者管理的三个小（一）型、二个小（二）型水库中，没有一个水库有水位观测尺，更谈不上有计算机监测系统。农村很多水库由于资金不足，设备的配置不完善，有一些水库建立的溢洪道和水库规模不符合，发挥不了功效。

二、水库管理体制不健全

因为农村水库一般情况下由乡镇及村镇进行管理，管理水利的部门没有真正的实管，所推出的管理体制和运行模式相互背离，效益和安全的矛盾一直没有进行调和。虽然推行改革尝试，有些地区把水库承包给专人管理，但承包人只关注所得的收益，不重视水库的安全运行。例如笔者管理的六学水库，承包者在水库水面上大批量养鸭，水库水源受到污染，水质破坏，影响下游群众生产和生活，引起群众的不满，下游群众经常上访。农村推行的承包责任制，因为水库管理体制不健全，责、权、利不明确，水库的维护和产权也没有明确的说明，维护的资金无处落实；管理机构臃肿，人员总量过剩，水库管理者不足；水库运行维修的费用不足；供水价格不够合理；因为资金缺失，水库维修不及时，致使大量水库老化，影响到水利工程水费和水资源费的收缴。

三、水库管理队伍不完善

农村少数的条件好的水库或许有专门的管理机构和人员，多数水库没有专人进行管理，通常是代管或者承包管理。因为管理水库的工作单调、机械，在加之自然环境的恶劣，管理的工作环境简陋，生活单调乏味，留不住人才，致使出现水库管理的技术和力量不充足，水利设施没有专业的技术人员进行管理。水库整体的技术素质不高，管理人员的文化水平也不高，对新技术和水库的业务接受困难，没有快速处理问题的经验和能力，不能适应现代水库管理的需求。有些管理人员不愿意去水库进行工作。在水库管理部门，那些技术好点的人又想方设法地离开。通常情况下水库都为自收自支单位，员工的收入大都从水库的综合收益中支出，所以有些水库管理人员一心放在经营收益上，出现重建轻管的现象，对于管理水库的技能和理论疏于学习和历练，也没有精力和资金去进行深入的学习和交流。管理队伍的老化在很大程度上阻碍着农村小型水库管理水平的提高。

四、忽视水库资源

水库的建立产生了一定的水资源，但农村日常管理中忽略了水库资源的使用、所有等权利。水库管理部门从水库建成之日起就有维护水库安全的责任，但由水库产生的各种效益是公益性的，大多是无偿管理。目前涉及水权管理的法律比较薄弱，并与其他的法律存在交叉责任冲突。有些水库管理部门不能保障水库库区被非法侵占减少库容，没有办法对水库周围开垦林地而造成水土流失的情况进行管理；无力阻挡农业生产造成的水污染，也没有办法保护水库不受当地人的破坏。农业用水是无偿的，不能合理地控制用水量。