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1、在管理职责上存在不清晰的现象

这里所指的管理职责，主要分为2个方面：

1）在建筑施工过程中的质量管理。

2）在建设后期，针对水利工程的维护和检修进行严格的管理。很多建设单位并没有建立一个专门的监督管理机构，建设过程中出现很多不合理现象、甚至一些偷工减料的现象，也没有建立一个专门负责建筑后期的维护机构，造成很多农田水利工程经过年代的冲刷后，一些电动机或者其他部件在尚未达到使用年限的情况下，已经完全没有使用价值，这就会造成资源的严重浪费。

还有一些地区都是由附近的村民，组成定期的检查小队，对这些基础设备进行重点的维护和检修。但是这些村民毕竟不是专业的维护人员，在很多方面仍旧存在技术的不足和知识的有限，这就在很大程度上降低了维护工作的重要作用。

同时，由于这些维护工作属于义务性，并没有为村民带来实际性的经济效益，这就会使村民的参与积极性降低，造成检修工作的滞后，这就使农田水利工程长期陷入无人维护、无人管理的境地。

2、在管理效率上存在滞后的现象

由于小型农田水利的运营方式相对比较固定，并没有非常丰富的运营形式，只需要重点负责灌溉用水或者生活用水就好，因此会在一定程度上缺少管理制度，这就会直接造成管理效率的滞后，再加上工作人员由于缺乏工作细则和规范，采取“破罐子破摔”的态度，工作效率何来的提高。

有些地区，对于农田水利的管理缺乏完善的制度保障，也很少有特定的管理部门负责，基本上都是由村里的百姓在使用的季节进行维修，过后就再也没有维护措施；还有很大一部分农田水利工程，处于“无人问津”的状态。这项管理工作的忽视，就直接影响到了水利工程的强大促进作用的发挥，经过一段时间运行后，如果这些水利工程陷入瘫痪状态，就会对农业的发展和人民的生活、带来极大的不便。如果再重新建设，就会耗费大量的资金和建筑材料，再加上一些地区落后的经济发展状况，只会使水利建设一直往后拖，最终影响的还是基层人民群众的利益。