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在水利工程项目的管理环节，因为薪酬不能落实，在利益的作用下，很多单位的内部管理毫无章法，没有将职责落实到人头，因为对申报项目顾及的不够全面等因素，所以造成很多建设项目在开展时费用不够。而水利工程项目管理系统的监察力度也普遍偏低，再遇到一些问题时主要体现为不能及时、有效的处理问题，从而造成较为严重的后果。虽然一些单位构建了管理系统，不过实际效果较小。

同时又因水利工程的规划与监理工作是通过县级以上的系统予以管理的，而这样的系统平时事物繁杂，所以不能有效的管理基层水利工作，这就造成基层水利人员在心理上出现惰性，这也是导致水利工程技术进展缓慢的一个因素，还有就是基层水利系统管理面小，且级别不高，直接针对农村，所以不只是进行行政管理，其主要的工作内容还包括了技术服务、监理、施工以及监督等，而基层水利系统相应的经验是较为匮乏的。

一般来说水利工程项目质量的监测以及监督，是水利工程项目建设过程十分重要的一个步骤，监测的情况，从根本影响着水利程项目建设的质量。不过就当下的情况来分析，监测部门相关人员的技术知识普遍偏低，检测工作者专业能力亟待加强，这也是水利工程项目的一个主要问题。同时有一些水利行业的监测活动都是通过其他的监测行业去实施的，一般不能根据水利行业的硬性指标以及规范去实施监测。而且我国对于水利工程项目的投入不多，且对监测没有予以必要的重视，因此造成监测设施落后。