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（一）泄洪以及防洪治理

在对河道进行构建施工的时候，因为各类建筑物众多，又不能轻易对其进行排除，就导致了没有足够空间来进行河道防洪建设。不但如此，部分构建物因其特殊的位置或独特的构建结构会对河流走势进行改变，还会造成水流阻雍。这些都造成防洪泄洪的问题，给人民的生命安全造成严重威胁。

近年来，许多城市存在洪灾问题，有些由于河道堤防未有达标整治防洪标准不够高，有些由于不能及时泄洪导致内涝，需要综合考虑防洪排涝功能也是河道治理的难点。

（二）无法对自然风险进行管控

自然环境是施工人员无法确定的一个因素，所以在进行河道治理时，也成为了一个治理难点。自然风险包括水文气象、作业环境等。因为各地环境不同，所以治理方法也不同，但是自然风险具有突发性，不可抗拒性，所以我们无法从根本上进行治理，只能尽可能做多方面设想，防治自然风险。

（三）难以设计出完全科学的工程

由于每个地方的地质有所区别，每条河流的河势流路也各不相同，所以很难创造一套能够通用的科学工程设计。另外，河道水流是属于自然水流，流势并不稳定，没有办法进行良好的控制，加上工程配套不齐全、主流控导能力很差、也会造成防洪压力大、水流散乱等问题。一旦因为工程设计而出了工程事故，不但危险很大，而且没有办法进行及时抢险，会造成大量经济损失。

（四）河流污染问题严重

目前，我国的河流污染严重，而且势态有不断加剧的趋势。虽然河道治理包括对水质污染的处理，但是河道治理也没有办法短期完全将污染水质进行恢复。而且水污染并不完全是由河道建设所引起的，其大部分原因还是居民生活污水和工业污水污染。水资源的污染，不但造成人民生活质量下降，还会造成生活用水资源的短缺和工商农业发展的阻碍，给国家带来经济损失。但是，我国对于生态环境的重视程度不够，一心投入到经济建设中，忽视了生态污染对人民生活的影响。导致的结果是河道难以治理，造成生态破坏。