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1、提高水质方式不能起到清理河道的作用很多省份都采用引水的形式来替换城市河道中的水质，以求达到提高河道生态质量，但是这种方法只是能短暂的改变水流质量，却不能提高中体水质。改善水质的目的在于扩大河道面积、流量、深度使河道周围的生态环境受益。但是很多城市河道沿线却缺少引流装置，多用排放城市雨水和中水的形式，这使很多污水依旧通过城市排水系统汇集到河道中，另外不同水质相互掺杂，使水中的沉淀物加大，这使河道中的淤泥和杂物问题不能被解决。

2、生态治河观的缺失传统的河道在治理过程中采取机械清淤，清理形式只是局限在疏浚、引配水，这使河道的生态性得不到重视。市区内的河道规划一般以平行的形态为基础，并且根据河道的笔直平行性进行划分这样规划虽然对城市规划和美观起到一定的作用，但是河道的线型比在生态自然性上存在很大的不足，河道护岸多以硬质驳坎，这种水体和边坡土体不能相互溶解，回填土和自然土体在很大程度上难以完成土体净化。这就使水生物缺少良好的生长环境。在治理过程中会因河道疏浚问题使生态环境发生改变，不能对淤泥污染做出处理。这样就不能达到河道淤泥综合治理的效果。常规的治理方式不能考虑到生态系统的因素环境，这就使河道的生态治理不能完全实现。

3、河道底泥治理达不到标准河道传统的治理方式复杂多样，一般涉及到绿化、驳岸、配水、截污、清淤等不同的形式，但在处理时没有考虑到底泥和水体生物修复、河道生态系统等相关问题，河道底泥对上覆水体受到了很大的影响，底泥污染物问题没有得到彻底地解决，这些使得河水中COD浓度在底泥污染物排出后严重超出了V类水标准。尽管清淤可以消除一定污染的底泥，但城市河道底泥往往受到条件的影响，难以达到完全清除的要求，这就使得清淤后的底泥又会成为新的污染源。仅仅采取截污、清淤、冲水是难以消除黑臭问题，由于河道生态系统功能难以发挥使得自身的自净能力被削弱，无法从根本上解决黑臭问题。