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1、工程安全性和经济性原则

生态水利工程就是一方面遵循水利工程学原理，另一方面也遵循生态学原理。同样，生态水利工程的设备也要依据水文学和工程力学的原理，保障工程建设的安全和稳定性。河流泥沙飘移、淤积，河流侵蚀、冲刷等河流特征是基本的考虑要素，探寻河势变化规律及时做出调整，确保河流修复工程平稳持续进行。运用经济学原理分析，研究出成本最低而效益最大的实施方案。

2、河流形态的空间异质性原则

根据大量研究生物群落的数据信息，可以发现生物的多样性与非生物空间异质性的关联是正相关。从非生物环境的空间异质性到生物群落多样性，我们可以推论出非生命与生命之间也具备一种相互依存的关系。一个地区具有很高的非生物环境空间异质性，表明这里衍生了很多小的生物环境。相反，若非生物环境简单匮乏，生物群落分布较少，进而造成一定得生态系统的退化。

3、生态系统的自组织、自我恢复原则

生态系统的自组织功能，简单讲就是生态系统的可持续性。自组织的根本是自然选择规律，在统一的自然环境下，如果自身条件优越的物种，能够承受住各种打击，从而适者生存，不适者淘汰生物环境可以给一个具有一定数量的种群提供繁衍条件。在生态系统这种自设计、自组织功能的调配下，自然界可以淘汰劣势物种，保留优势物种，形成合理的局面，从而完成生态设计。根据以往的生态水利工程资料总结，人类与自然可以各自贡献一半力量。在利用自设计理论时，要充分重视乡土物种。对于外来物种的引入，要慎重思考，杜绝生物入侵。

4、流域尺度及整体性原则

河流生态修复规划应当建立在长期的时间尺度和整个河流尺度上，而不是建立在短期的时间尺度和某一段河流分布尺度上。河流生态修复规划是指对在整个生态系统的大环境下，对依附于河流体系的生态系统进行修复、调整，而不仅仅是对某一物种、要素进行整治。水域生态系统整体是一个大系统，它又包含众多子系统，比如生物系统、水文系统和工程设施系统等等。

5、反馈调整式设计原则

生态系统与社会系统一样，每时每刻都是在变化的、动态的，随时间与空间的交替而更改，因此具有不确定性。除了自然系统的作用力，人类系统的作用也很大程度上影响了生态系统的更新和调整。正是这个原因使得生态水利工程呈现出一种反馈调整式的设计模式。其过程包括设计、执行、监测、评估、反馈、调整，往复循环，确保准确性。监测是反馈的基础。我们监测的主要对象是生物和水文，确保河流生态系统健康、稳定地运行。