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1、基于生态水文与工程水文对水文过程进行分析

目前，工程中融人生态学的设计并没有被广泛应用。随着生态水利工程设计的普及和高度重视，在今后应大力提倡生态水文学与工程水文学的相互融合，为生态水利工程的设计提供经验和依据。生态水利工程的服务对象分布范围比较广，比如涉及到农、林、牧、副、渔、草原、湖泊、湿地等等所有需要生态用水的自然领域，以及工业、城镇、居民等所有的经济生活用水领域，我们必须要掌握生态发展对水资源的需求准则，使生态水利工程的设计符合科学规律，顺从经济原则。

2、识别工程可能涉及的重点生态敏感目标

生态水利工程的设计必须要确定哪些重要的生态目标会受其影响颇深，在工程规划环节要给予更多关注。目前存在的一个重大诟病就是很多水利工程的设计都忽略对流域生态敏感目标的考虑。比如三江平原的案例，在早期建设的防洪治涝工程，有的地区出现了跨流域排水的不良现象，导致的直接恶果就是水资源明显退化，这就是忽视重点生态敏感目标的典型教训。

3、有效结合环境工程设计

生态水利工程的设计要充分接纳引进环境科学与工程的理论和技术，实现水量与水质同步优化配置的目的，同时有效结合水污染防治工程。由于水利工程作用的水量一般较大且具有明显的季节性变化，所以生态水利工程的设计可能在实施过程中会遇到较大的挑战与阻力。为了缓和旱田排水过程中夹带淤泥或其他污染物流人下游湖泊或湿地，需要在未进入湖泊或湿地的过渡带设计生态处理沟渠或氧化塘。对于水田排水沟渠，在其旺盛季节可以进行大量储水，通过人工沟渠湿地可以处理一些可降解的有机污染物。此外，人工沟渠的两端若是生长有水生绿色植被，那么也能增强水质处理的效果。这种设计思路是借鉴于用自然稳定塘处理水污染的理论与工艺。所以，我们要积极探索融合生态水利工程与水污控制工程的科学方法，建设生态环保的水文系统。