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新时期，水利工程管理随社会经济的发展以及水利工程的发展取得了一定的成绩，但是我们也看到了管理中仍存在许多的问题。这主要体现在以下几个方面：

首先，水利工程管理的方式仍存在不科学的地方。在我国的水利工程管理中缺乏“全方位、全寿命”的管理理念，这体现在管理工作上便是水利工程的建设上存在一些只关注眼前利益而缺乏全面性及长远性的现象。受传统政绩观的影响，在水利工程的管理中存在许多重建设而轻管理的思想和现象，许多地方政府和单位更多的是积极的争取新的水利工程，对于已有的水利工程的挖掘不足并且存在管理上不够重视等现象。就管理的思路以及具体的措施而言，都相对较为落后，造成了许多水资源利用效率比较低或者是水资源浪费的现象。在管理中，也存在一些只是片面的追求社会相依而忽略其应有的经济效益，从而使得水资源利用的整体收益较低，职工收入水平低，从而影响其工作积极性等问题。

其次，水利工程管理人员的素质影响了管理水平的提升。在水利管理系统中，特别是一些基层的水利工程管理单位，工作人员的整体思维受传统管理制度的影响，仍存在许多依赖上级领导指示的现象，缺乏管理的主动性和积极性，且管理的效率较低。在信息技术发展的背景下，对于工程管理提出了更多的要求，而工作人员的整体水平和素质没有相应的提升，从而影响了管理工作的更新和完善。对于科技的掌握不足，使其无法完成水利工程的信息化管理等，并且专业技术的缺乏使其不能实现对水利工程的有效监督和管理，影响整体的管理效果。

再次，在水利工程管理中，存在较多的水利设施老化现象。从我国水利工程发展的情况来看，一些大中型的水利工程或者是灌溉区域的水利设施，更多的是在上个世纪中期所建设，其建设的基本目标是满足现实的需求，并且受到建设当时的理论和技术水平等的限制，工程的设计以及施工的标准相对较低，从而使得工程质量存在一些问题。在经历的几十年的风雨之后，这些水利工程存在较多的老化失修或者坍塌等现象，这在很大程度上造成了水利工程的安全隐患，给防洪等工作带来了诸多的压力。

最后，水利工程管理缺乏完善的保障体系。从管理的角度来审视水利工程管理，一些保障制度还不完善，水利工程投资以及维护经费不到位现象较为多见。_般情况下，水利工程日常维护的费用多是由政府财政拨款，但是在实践中资金的运行往往很难满足水利工程运行和管理的实际需求。此外，对于水利工程管理的法律法规及相应的制度尚不健全，缺乏有效的法律和制度体系，无法满足精细化管理的实际需求。