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为了有效解决我国水利工程档案管理中存在的问题，我建议采取如下措施：

其一，转变观念，完善制度。为了使水利工程档案管理工作更加规范化、标准化，水利单位负责人和档案管理者要提高认识、转变观念，把档案管理工作纳入水利工程总体格局，渗透到水利工程建设的全过程；

其二，健全机构，配备专人。水利工程档案管理要构建统一领导、专人负责、协调配合的管理机制。有条件的单位，要设立独立的档案管理部门，配备专职的档案管理人员：暂不具备条件的单位，也要积极创造条件，先配备专职的档案管理人员；

其三，配备管理设施，保证档案安全。采取切实可行的档案管理安全措施，设置专门的档案管理场所，按照档案保管要求，设置专业档案室，配备档案管理设施，确保档案安全；

其四，改变管理方式，丰富收集手段。根据不同水利工程特点，拓宽档案收集渠道，变被动为主动收集档案资料，采取灵活多样的收集手段，来适应水利工程档案管理的要求。对建设周期较长的大型水利工程档案收集，应与施工现场资料员及其他施工部门保持联系，分阶段催收档案资料，尽量避免原始档案资料遗失；

其五，加强培训，提高业务水平。水利工程档案管理工作具有复杂、细致和琐碎的特点。其科学性、服务性及技术性特征，要求水利工程档案管理者要具备很高的素质，而加强培训是提高其业务水平的重要途径。档案管理者只有具备现代管理素质和合理的知识结构，才能切实担负起水利工程档案管理的重任；

其六，优化管理手段，提高利用效率。档案的生命在于利用，只有对水利工程档案充分利用，才能体现其真正的价值。要充分利用水利工程档案，就要改变传统落后的管理手段，应用现代化的计算机技术，在不断丰富水利工程档案内容的同时，提高其信息的检索和查阅功能，努力实现资源共享。