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1、质量意识淡薄

在我国基础设施建设项目中，质量因素是工程项目建设过程中最主要的控制因素。对于水利工程而言同样重要，质量是水利工程的核心。然而，当前我国建筑工程中各类施工事故频繁发生，“豆腐渣”工程越来越多，不仅影响国家经济，还造成严重的损失。而出现这一现象的主要原因就是质量控制不到位，整体质量意识淡薄；还与工期进度要求有关。因此，加强水利工程质量意识尤为重要。

2、管养经费不足

由于部分水利工程的管理与维修养护经费紧缺，致使水利工程出现严重的老化现象。而对于一些小型水利工程而言，若设有管理部门，其只会依靠国家援助资金和财政拨款来维护管理，若没有管理部门，就无人问津。而大部分水利工程在管养方面都没有配备专业的技术人员，致使各类质量问题出现。

3、缺乏有效监管

在水利施工过程中，由于监管力度不够，监管规范化、严格化程度低下，加之很多监管人员缺乏强烈的责任心，同时整体素质和专业知识技能不高，导致监管工作落实不到位，更谈不上发挥监督与管理作用。另外，我国监理市场缺乏规范性，监理工作不到位，缺乏深度和广度，质量控制能力弱，缺乏有效的手段和方法，致使水利工程管理工作与实际要求脱节。

4、运营与管理缺乏灵活性

现阶段，水利工程管理存在诸多问题，首先缺乏先进的经营管理手段，整体意识淡薄；其次在水利工程管理队伍中缺乏经营管理方面的人才，没有充分的能力组间一支综合能力较强的人才队伍，使得水利工程管理工作无法适应新时期水利经营管理市场的实际需求。