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小型农田水利工程运行中面临的主要难题是工程建设问题和运行管理问题。工程建设存在的主要问题为施工要求标准不高、建设模式不匹配．老化严重：运行管理存在的主要问题为各个利益方面责任不确切，没有健全的管护督查体系，并由此导致工程资金投入失调、管护费用短缺等不良后果。

1、管护人员责任划分不明确

农村土地制度的改革之后．农村土地就变成农民分散经营的模式。目前，已经存在的小型水利工程存在两个方面的问题，关于管理模式的问题主要包括三点：第一，管理体制不清楚产权归属也不明确，因此无法划分国家政府、农村集体、受益户三者应该履行的职责和义务；第二，工程建设、管理、维护、使用四方面无法建立有效联系，因此目前农村存在许多正在使用、无人维护的小型水利工程：第三，长期以来，许多地方都有重骨干轻配套、重建轻管的观念，因此目前农村存在许多“国家没法管，农民管不住”的小型水利工程。关于费用管理的问题主要包括两点：第一，管护资金缺乏．工程失效时．管理者没有能力去履行维修的责任；第二，小型水利工程管护经费主要依靠水费。然而．目前计收水费方式多样．有的实行政府和村民组织“指导价+自主定价”．有的地方则实行政府定价计收水费的权利和管护人员的责任的不协调．因此农民会形成“水费由政府收取．管护则应让政府负责”的思想。

2、管护费用没有保障

小型水利工程供水秩序混乱、无人管理有些地方政府没有建立和实施渠系水费模式．工程建设费用主要来源为国有水费返回量因为水费返回量的不确定因素较多．所以工程运行中的管护费用很难保障。

小型农田水利工程管护费用的保证与农民水费支出费用之间的矛盾很难协调。为减少农户承担与水利工程更新和维护费用相关的费用．农户只需要支付运行费用．而小型农田水利工程水费一般不考虑折旧费但是有些大中型受益范围外即不享受政府补贴的水利工程．因为运行费用较高，大部分超出了农户承受能力。管护费用没有保障的情况下，承包人面临机井设备老化、能耗高、收益低的考验也没有能力更新和维护。

3、计量方式多样．计量现状差

小型农田水利工程用水收费不计量的现象普遍存在大部分农田水利系统没有计量设施．虽然有些按照要求设置了与量水相关的设施．但没有真正作为水费计收的标准一些地区则按面积收费．没有节水激励措施．一方面群众很难养成节约用水的习惯．另一方面也难以实现公平收费。