工程建设指挥部多数是项目法人为对在建项目实施管理而成立的临时机构。但有些是以工程建设指挥部的名义与施工单位签订的工程建设合同。此时若发生工程欠款诉讼，诉讼主体的选择主要取决于工程建设指挥部的法律地位。如果工程建设指挥部依法设立，并且具备独立的法人资格，其实际法律地位与项目法人的法律地位相同，只是称谓不同，或者工程建设指挥部是项目法人的子公司，此时的工程建设指挥部具有独立诉讼主体资格，施工单位提起工程欠款诉讼时应以工程建设指挥部为被告。

　　如果工程建设指挥部是项目法人的分支机构，施工单位提起工程欠款诉讼时诉讼主体的确定则取决于该工程建设指挥部作为分支机构是否依法设立并领取营业执照。

　　若该工程建设指挥部依法设立并领取营业执照，则该工程建设指挥部属于民事诉讼法第四十九条所规定的其他组织，根据民事诉讼法第四十九条的规定，公民、法人和其他组织可以作为民事诉讼的当事人，该工程建设指挥部具备诉讼主体资格，施工单位可以选择该工程建设指挥部作为被告提起诉讼。在胜诉进入执行程序后，如果该工程建设指挥部没有偿债能力，施工单位可以在执行阶段申请变更设立该工程建设指挥部的项目法人为被执行人，人民法院可以裁定执行项目法人的财产。

　　若该工程建设指挥部非依法设立或者虽依法设立但并没有领取营业执照时，根据最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉若干问题的意见》第41条规定，法人非依法设立的分支机构，或者虽依法设立，但没有领取营业执照的分支机构，以设立该分支机构的法人为当事人，此时该工程建设指挥部不具备诉讼主体资格，应以设立该工程建设指挥部的项目法人为被告。